针灸具有悠久的历史。古书上曾多次提到针刺的原始工具是石针，称为砭石。这种砭石大约出现于距今8000至4000年前的新石器时代，相当于氏族公社制度的后期。中国在考古中曾发现过砭石实物。到了春秋时期（公元前770至前476年），医学摆脱了巫的束缚，有了专业医生。据《春科左氏传》记载，名医医缓为晋景公诊病时，指出要“攻之不可，达之不及，药不到焉，不可为之”。这里所说的“达”与“攻”指的就是针刺和火灸。

战国至西汉时期（公元前476至公元25年），随着炼铁技术的进步，金属针逐渐得到了推广。金属针逐渐代替了砭石，从而扩大了针刺的实用范围，加快了针灸的发展进程。东汉、三国时期，出现了许多擅长针灸的医学家，其中，皇甫谧所著《针灸甲乙经》，成为一部具有完整体系的针灸专著。两晋、南北朝时期（公元256至589年），针灸专著明显增多。这一时期，针灸传到了朝鲜、日本等国。
隋唐时期（公元581至907年），针灸发展成为一个专门学科，当时的医学教育机构太医署里设有针灸专业。随后，针灸学术不断向纵深发展。16世纪，针灸开始被介绍到欧洲。但是到了清代，医者重药轻针，一定程度上阻碍了针灸学的发展。
1949年中华人民共和国成立以后，针灸得到了大发展。2000多所中医医院都设有针灸科；针灸的科学研究已经涉及机体的各个系统和临床各科；对针灸的调整作用、镇痛作用、增强免疫力作用，以及经络现象，经穴与脏腑相关等问题的研究，取得了大量有价值的科学实验资料。