公务员待遇除了工资以外，还会有精神文明奖等类似绩效形式的奖金，车补也是公务员独有的福利，公积金、职业年金、养老统筹等方面，财政也是有限保障公务员群体，而且在很多地方，公务员奖金往往远超过事业单位奖金。事业单位的情况就比较复杂，既有全额拨款的事业单位，也有差额拨款、自收自支的事业单位，全额拨款的事业单位在虽然由财政保障其支出，但是，总收入仍然低于公务员，而对于差额拨款和自收自支的事业单位，就只能靠自己自食其力，而且还要受到财政的监督，挣得多了可以达到公务员的收入水平，或者会略高一些，其余收入则上缴财政，如果挣不到就只能自谋出路，这个时候财政就不会管你。
当然，也有三甲医院、重点高中的事业编人员收入高于公务员，但是这些只占事业编极少的一部分，并没有任何代表性，总体来看，事业编制在经济待遇上与公务员相比，差距还是比较大的。

在仕途发展方面，事业编天然矮于公务员。在公务员单位当中，科室的设置都是按照编制来的，一般来说，一个科室的编制会在一至两个左右，同时，还会有一部分领导编制，这样，在实际的工作当中，行政机关的公务员都有晋升的机会，或者是担任单位领导，或者是担任内设科室的科长，再不济还能晋升为类似科长职务的主任科员。而事业单位则差别很大。事业单位的主办机关都是行政单位，接受行政机关的领导管理，设立事业单位的目的就是为了服务行政机关，辅助行政机关进行公共事务管理，因此，事业单位职数设置是非常少的，而且在单位级别上天然低于行政机关，事业单位设置科室，一个科室的编制在三至五个，领导编制固定在二至三个，因此，在事业单位当中，注定有一部分人是没有晋升机会的，这种现实很残酷。