日语中大量使用汉字。日语中的全部汉字约有几万个之多，但是常用的则只有几千个。1946年10月日本政府公布了“当用汉字表”，列入1850个汉字。1981年10月又公布了“常用汉字表”，列入1946个汉字。在教科书和官方文件中，一般只使用列入“常用汉字表”中的汉字。每个汉字一般都会有两种读法，一种叫做“音读”(音読み/おんよみ)，另一种叫做“训读”(训読み/くんよみ)。“音读”模仿汉字的读音，按照这个汉字从中国传入日本的时候的读音来发音。根据汉字传入的时代和来源地的不同，大致可以分为“唐音”、“宋音”和“吴音”等几种。但是，这些汉字的发音和现代汉语中同一汉字的发音已经有所不同了。“音读”的词汇多是汉语的固有词汇。“训读”是按照日本固有的语言来读这个汉字时的读法。“训读”的词汇多是表达日本固有事物的固有词汇等。有不少汉字具有两种以上的“音读”音和“训读”音。

日语的发音包括元音(单元音、元音的连续、元音的清化)，辅音(清音、半浊音、浊音)，拗音，拔音、促音和长音，外来词专用音节。其中拨音、促音和长音是日语语音学习的难点，是日语发音准确地道的重要要素。促音使用小体书写的平假名“っ”或片假名“ッ”表示音节突然中断，前一拍的末尾添加后一拍开头的辅音，形成一个促音。促音是一个单独的音节，在念的时候虽然不发音，但是要停顿。日语中有长音，即该假名的元音被拉长2拍。使用平假名时，当跟在后面的字母与前一个字母属于同一段时，前面的字母的元音就会变成长音。使用片假名时，长音大多使用“ー”来表示。转写罗马字时，长音可以直接加上后接假名对应的英文字母，或在延长的元音上加上一横或一个尖头表示。拨音ん、ン(n)不出现在词头，但要有一拍的发音长度。受其后面音节的影响，其读音也不同。

日语中有大量的外来语。许多从中文来的外来语在今天的日常生活中使用非常广泛，以致它们不被认为是从日本之外引进的外来语。在多个世纪之中，中国的文化影响很深，许多知识或哲学背景用词起源于中国。在十九世纪晚期和二十世纪初从西方引进新概念时，经常会使用中文字的新搭配来翻译它们。这些词是现代日本人所使用的知识词汇的重要组成部分。除了上述的外来语外，日语中还有许多词汇是从英语和其他欧洲语言借来的。虽然造新词的方法继续存在，但以原状引进西方的词汇的做法很普遍，如“volunteer”(志愿者)、“newscaster”(新闻广播员)等等。日语还创造了一些假英语词汇(英语中实际没这些词)诸如“nighter”(夜晚的运动比赛)，“salaryman”(挣工资的工人)。这一趋势在近几年明显增长。