万州烤鱼的制作方法较为独特。首先，挑选新鲜的草鱼、青鱼等淡水鱼类，并对其进行开膛、清洗、斩块等处理。然后，将辅料（如泡椒、花椒、蒜、姜、豆腐、木耳等）分别切成块状，放入铁盘底部。接着，将鱼块放置在铁盘上，再覆盖上厚厚的辅料，再用特制的烤架放置在火炉上。

万州烤鱼的美味之处不仅在于其独特的烹制方法，也在于它独特的调味口感。辣椒、花椒、蒜等辛香味料与咸味、甜味、鲜味的调料和淡水鱼原本鲜美的口感融合在一起，让人倍感饕餮。这种组合中，辛香味刺激食欲，咸味、鲜味相得益彰，而酸、甜味则有助于平衡口感，使得整道菜色异常的丰富多彩。